כאן נאמר שבעוד שלושה ימים יעברו את הירדן, אבל רק בהמשך יהושע שולח את המרגלים, שנמצאים לילה אצל רחב, ואז בורחים שלושה ימים להר,
לאחר מכן הם חוזרים למחנה ומספרים ליהושע על המוצאות אותם,
למחרת משכימים בבוקר ונוסעים מהשיטים עד הירדן וישנים שם.
ואז יהושע אומר לעם שרק למחרת יעברו.
איפה אם כן שלושת הימים שנאמרו כאן? 
הפניות:
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)
    השכמה ולינה (יהושע ג, א)
    שלושה ימים בהר (יהושע ב, כב)
    "וישכבו שמה" אצל רחב (יהושע ב, א)
    מחר יעשה ה' נפלאות (יהושע ג, ה)

בזמן שהמרגלים היו במסעם, במחנה בני ישראל זזו דברים. מכיון שאי אפשר לתאר את זה 'ביחד', מתארים כל התרחשות לחוד. מה שקרה למרגלים - בפרק ב'; ומה שקרה לישראל - בפרקים א' וג'. אם קוראים את פרקים א' וג' ברצף, נוצר רצף קריא ומובן ללא בעיות.

(אם כבר, אז יש בעיה בתחילת פרק ג', גם אם מדלגים על סיפור המרגלים. שם נראה שלאחר 3 ימים עדין מחכים למחר כדי לעבור).

ניתן להבין כי יש כאן פער בין התכנון של יהושע לבין התכנון של הקב"ה:
יהושע שולח את המרגלים, ובמקביל מתקדם עם בני ישראל. יש לזכור שיהושע לא בונה על כך שהמרגלים ייעדרו שלושה ימים - זוהי הצעת רחב אליהם! (פרק ב' פסוק טז)
כשיהושע מגיע אל הירדן הוא מחכה ומחכה, אבל המרגלים לא מגיעים - לכן השוטרים שלא מודעים דבר המרגלים שנשלחו "חרש", דבר ראשון מדברים אל העם כאילו הם כבר עומדים לעבור את הירדן (פרק ג פסוק ג, ממנו משמע שזו הוראה מעכשיו לעכשיו) - כי הם ממשיכים את הפקודות שניתנו להם בפרק א' (פסוק יא), שדיברו על היום השלישי. אבל אז יהושע רואה שהמרגלים לא חוזרים ומחכה להם, ומבין שישנו פער מסויים בין התכנון שלו לבין כוונתו של הקב"ה, והוא אומר לעם שעליהם להתקדש, ורק מחר יעשה ה' בקרבם נפלאות "(פרק ג פסוק ה).
כנראה שרק יום לאחר מכן חזרו המרגלים ליהושע (פרק ב פסוק כג), ואז ה' אמר ליהושע את פסוק ז בפרק ג.
זה מסביר את החלוקה לפיסקאות בנוסח המסורה בתחילת פרק ג: תחילה התכנון המקורי, לאחר מכן השיבוש, ולאחר הגעת המרגלים - דברי ה' האומרים שאפשר לעבור את הירדן.
ייתכן והמהלך הזה בפסוקים יכול גם להסביר את מדרש חז"ל בנוגע למשה ש-"הוסיף יום אחד מדעתו" להתקדשות של בני ישראל לפני מעמד הר סיני. וזאת כהקבלה ליהושע לפני חציית הירדן.
מה כל זה אומר? נראה לי שבניגוד למדרש חז"ל על משה, שם הקב"ה משבח את משה על התוספת, הרי שכאן הקב"ה אומר ליהושע לעצור, כאילו הוא מנסה לומר לו שהשליטה איננה רק בידיו, ולא כל יוזמה ברוכה. ה' הוא זה שיחליט מתי בני ישראל ייכנסו לארץ שלו. אם הדברים הללו נכונים, הרי שיש כאן מסר עצום בנוגע ליחס שבין התורה וארץ ישראל - שהתורה לא בשמים היא, בעוד לגבי ארץ ישראל "עיני ה' א-היך בה", והוא הריבון היחיד בה. ואכמ"ל.